Stein se basa en los personajes centrales de la novela de Mary Shelley, Frankenstein, una fusión del científico loco y el monstruo en sí.
Stein no está cuerdo del todo y constantemente tiene que reprimir el impulso de diseccionar todo lo que ve.Según Maka desde que Stein es su profesor no hacían mas que diseccionar animales, incluso una vez trató de diseccionar un ave en peligro de extinción alegando que sería malo que se extinguiera antes de que él pudiera diseccionarle. De hecho, incluso ha experimentado consigo mismo, ya que tiene un enorme tornillo insertado en el cráneo y suturas en todo el cuerpo y ropa, siendo estos sus rasgos mas distintivos.
Stein intentando diseccionar a un ave en peligro de extincion
Stein puede controlar las vibraciones de su alma lo que le da una gran ventaja en batalla, ya que puede cambiar su propia longitud de onda para que coincida con la de su oponente y pasar a tener una relación usuario-arma. Stein puede utilizar esta capacidad gracias a su alta flexibilidad espiritual mediante la previa observación de su oponente. Él es un genio en la utilización de las vibraciones del alma, incluso desarmado puede canalizarlas a través de su cuerpo y las libera en forma de una poderosa corriente.
Siendo un hombre de ciencia, lo ve todo en el mundo, incluido él mismo, como un experimento o modelo. Esta era la personalidad que tenia cuando era un niño ya que a menudo queria diseccionar a todos los que le rodeaban. Esta extraña mania hizo que todos los que le rodeaban le tuviesen miedo. Incluso aún esta presente aunque sea ya un adulto.
Stein y Spirit
También exhibe una personalidad sádica e intimidante icluso sus risas estan normalmente llenas de intenciones sádicas y oscuras pero tiene una especie de lado compasivo que se preocupa por la gente de su alrededor y siente la necesidad de protegerlos.
Mientras trabajaba con Spirit, Stein solía realizar experimentos en él mientras dormia. Ellos siguen manteniendo su amistad fuerte como cuando eran socios, a pesar de que Spirit todavía siente algo de trauma por los procedimientos anteriores de Stein. Fuera de las batallas, a menudo a Stein le gusta bromear a Spirit sobre estos eventos y le resulta claramente muy divertidas las reacciones que le pueden provocar que no es muy sorprendente teniendo en cuenta de que Spirit le dice constantemente a Stein que es demasiado sádico. Sin embargo, Stein demuestra que sigue siendo suave con Spirit cuando todavía se refiere a él como "Senpai", a pesar de que Stein es de un rango muy superior.
Stein chinchando a Spirit